Ο Φλυν αναγκάστηκε να παραιτηθεί στις 13 Φεβρουαρίου όταν αποκαλύφθηκε πως είχε πει ψέματα για τις συζητήσεις που είχε με τον Ρώσο πρεσβευτή στις ΗΠΑ Σεργκέι Κύσλιακ, πριν από την ορκωμοσία του Τραμπ.
Ο τέως πρόεδρος των ΗΠΑ είχε προβεί στην προειδοποίηση για τον Flynn κατά την διάρκεια της πρώτης συνάντησης στο Οβάλ Γραφείο που είχαν ο Δημοκρατικός απερχόμενος τότε πρόεδρος και ο Ρεπουμπλικάνος διάδοχός του στις 10 Νοεμβρίου, συμπλήρωσε ο συνεργάτης, που μίλησε υπό τον όρο να μην κατονομαστεί.
Η προειδοποίηση, την οποία μετέδωσε πρώτο το ειδησεογραφικό τηλεοπτικό δίκτυο NBC, έγινε κατά την διάρκεια μιας συζήτησης για το προσωπικό του Λευκού Οίκου.
Δεν έχει σαφές ποια ήταν η προέλευση των αμφιβολιών του Ομπάμα για τον Φλυν.