Η σύσταση και λειτουργία της Γενικής Γραμματείας αποσκοπεί, μεταξύ άλλων, στη διαμόρφωση ολοκληρωμένης στρατηγικής για θέματα ΕΕ, στη βελτίωση του συντονισμού και της συνοχής των θέσεων που καταθέτει η Κύπρος στις Βρυξέλλες, στην περαιτέρω αναβάθμιση της ποιότητας της προεργασίας και της ανάλυσης που γίνεται για τη διαμόρφωση και υποβολή θέσεων, ενώ εκτιμάται ότι θα βελτιώσει την προοπτική δημιουργίας συμμαχιών με άλλα κράτη-μέλη, ενδυναμώνοντας τη διαπραγματευτική θέση της Κύπρου για επίτευξη εθνικών στόχων και προτεραιοτήτων.
Σύμφωνα με το υπουργείο Εξωτερικών της Κύπρου, κύριες αρμοδιότητες της Γενικής Γραμματείας θα είναι, μεταξύ άλλων, να προωθεί τη διαμόρφωση ολοκληρωμένης εθνικής στρατηγικής για ευρωπαϊκά θέματα και να διασφαλίζει την υλοποίησή της, καθώς και τον συντονισμό μεταξύ όλων των κυβερνητικών υπηρεσιών για ευρωπαϊκά θέματα.
Επίσης, θα είναι επιφορτισμένη με τον συντονισμό για την ορθή εφαρμογή του κοινοτικού δικαίου και τη μεταφορά Οδηγιών στο εθνικό σύστημα, καθώς και για τις σχέσεις με τα θεσμικά όργανα της ΕΕ και την προώθηση της επαρκούς στελέχωσης αυτών των οργάνων αυτών, ενώ θα παρέχει γραμματειακή και άλλη υποστήριξη στην Υπουργική Επιτροπή για Ευρωπαϊκές Υποθέσεις, η οποία συστήνεται παράλληλα στη βάση της ίδιας απόφασης με επικεφαλής τον υπουργό Εξωτερικών. Η Επιτροπή θα εξετάζει θέματα στρατηγικής και σημαντικά ευρωπαϊκά θέματα οριζόντιας πολιτικής, με κύρια επιδίωξη τον συγκερασμό απόψεων.